Pramení pod vrcholem Králického Sněžníku na území obce Dolní Morava v katastrálním území Velká Morava, v nadmořské výšce 1380 m v upravené studánce. Hluboké údolí odděluje východní a západní hřbet pohoří Králického Sněžníku. V jižním úbočí Králického Sněžníku vytváří strmý žleb, kde přijímá několik potoků. Má zde charakter rychle mohutnícího horského potoka, níže pak říčky s rychlou čistou vodou. V Jeseníkách přibírá tři větší toky: Krupá, Branná a Desná. Pak protéká Branenskou vrchovinou a kolem Zábřehu, kde se do ní vlévá Moravská Sázava. Poté přichází první meandrující úsek Litovelské Pomoraví. V tomto úseku se do Moravy vlévá Třebůvka, Oskava a Trusovický potok. Morava dále protéká největším a metropolitním městem na Hané Olomoucí. V Troubkách u Přerova se do ní vlévá Bečva, která odvádí vody z jižní části Moravskoslezských Beskyd. Pokračuje na jih ve sníženině mezi Českomoravskou vysočinou a Západními Karpaty. Od Otrokovic je vybudován Baťův kanál. Dále pak řeka protéká moravským Slováckem. Následuje druhý meandrující úsek mezi Bzencem Přívozem a Rohatcem, kde protéká územím Moravská Sahara. Zde u obce Rohatec začíná tvořit společnou česko-slovenskou státní hranici. Tuto hranici tvoří až k nejjižnějšímu bodu katastrálního území města Lanžhot, kde se stéká s Dyjí. Morava pak dále teče jižním směrem, kde až po soutok s Dunajem u Bratislavy-Devína tvoří rakousko-slovenskou státní hranici. Na Slovensku je jedním z nejznámějších přítoků řeka Myjava.